Dva mladí, úspěšní archeologové Elisabeth Shaw (Noomi Rapace) a Charlie Holloway (Logan Marshall-Green) objevili na různých místech Země v různých jeskynních, piktogramy z dávných civilizací a postupně se jim podařilo rozkrýt, že všechny piktogramy poukazují na jedno jediné místo ve vzdáleném vesmíru. S týmem dalších badatelů se tak na palubě kosmické lodi Prometheus vydávají na cestu, na jejímž konci chtějí nalézt odpovědi na nejzákladnější otázky lidského života a bytí. Oba však mají poněkud rozdílnou motivaci, proč se expedice účastní. Elisabeth věří, že lidstvo bylo stvořeno vyšší mocí a chce se se stvořiteli setkat a pochopit původ lidské existence, zatímco Holloway se převážně snaží uvést věci na pravou míru. Nikdo z posádky ovšem není připraven na nepředstavitelnou hrůzu, která na ně čeká a netuší, že právě oni budou muset svést děsivý boj o záchranu budoucnosti lidské rasy.